万治元年（1
6
5
8年）創立。
開基西順は島原深江村の妙行寺住持であった
が、退隠して長崎光永寺に滞在中、大村藩主、
大村因幡守純長の知遇をうけて当寺を創立。
西順は寛文3
年
9
月
13
日（1
6
6
3年）に
東本願寺より木仏本尊と寺号を許可され、
法嶺山妙行寺と公称して、同年に本堂を建立。
当時長崎は、キリシタン布教開始・開港（貿
易）・長崎町建（教会領）・キリシタン禁令・
鎖国を経過し、鎖国後も幕府の禁教政策によ
り寺院への再建支援や維持援助など特権や生
活保障まで与えての寺院全盛時代を成してい
た。妙行寺は大村領であったが幕府の禁教令
に沿って、戸町村の管轄寺の役を成していた。
安政5年（1
8
5
8年）戸町村が幕府直轄地
に指定されたことによって、寺内の一部をイ
ギリス領事事務所に貸し、境内にユニオンジ
ャックがはためいていた。